Високотемпературно спаљивање је једна од најчешће коришћених технологија за третман медицинског отпада, погодна за инфективни отпад, патолошки отпад и фармацеутски отпад. Опрема генерише високе температуре (обично 800 степени ~1200 степени) у комори за сагоревање, потпуно оксидишући и разлажући органску материју у отпаду док убијају патогене микроорганизме. Модерна опрема за спаљивање обично је опремљена секундарном комором за сагоревање и уређајем за пречишћавање димних гасова за уклањање штетних гасова и честица, обезбеђујући да емисије испуњавају еколошке стандарде.
Опрема за стерилизацију паром под високим притиском користи пару високе температуре и високог притиска за стерилизацију медицинског отпада, обично на 121 степен ~134 степена и 1,2 ~ 2,1 МПа током одређеног периода. Ова технологија је погодна за инфективни отпад и неки патолошки отпад, а може у потпуности инактивирати бактерије, вирусе и друге патогене микроорганизме. Опрема обично укључује посуду за стерилизацију, систем грејања и систем за контролу притиска; неки модели такође имају функције аутоматског мешања или дробљења како би се побољшала ефикасност обраде и уједначеност стерилизације.
Технологија микроталасне стерилизације користи микроталасну енергију да изазове вибрирање молекула воде у отпаду великом брзином, стварајући топлоту и на тај начин убијајући патогене микроорганизме у отпаду. Ова технологија нуди велику брзину обраде, ниску потрошњу енергије и минимално загађење животне средине. Опрема за стерилизацију у микроталасној пећници је често опремљена уређајима за уситњавање или разбијање кеса за разбијање отпада пре равномерног загревања, побољшавајући ефикасност стерилизације. Погодан је за мале и средње локације као што су болнице и здравствени центри.
Хемијска стерилизација подразумева мешање медицинског отпада са дезинфекционим средствима (као што су хлориди и пероксиди) да би се инактивирали патогени микроорганизми у отпаду. Ова метода се обично користи за течни отпад или специфичан фармацеутски отпад. Опрема обично укључује затворену реакциону посуду, систем за мешање и сигурносни уређај за пражњење како би се спречило цурење дезинфекционог средства и секундарно загађење.